Nesta seqüencia de Metroid Prime, tornam-se o caçador de recompensas atrás da viseira mais uma vez e viajar para um planeta dividido em luz e escuridão. Caçado por uma entidade misteriosa e uma raça guerreira chamada de Ing, Samus Aran deve explorar os mundos de luz e escuridão deste planeta condenado para descobrir segredos e aumentar seu terno armas e habilidades. E agora, pela primeira vez na história da franquia Metroid célebre, até quatro jogadores podem lutar entre si, em busca de armas, agarrar em tetos, e transformar-se em Morph Balls para fazer as suas escapadas.